この病気の潜伏期間は2～15日（通常2～6日）ほどで、感染者のうち80%は何の症状もない不顕性感染で終わり、発症率は20%程度です。発症した場合、多くは急性熱性疾患となり、約1週間ほどの短期間で回復します。

　症状の出方には、「ウエストナイル熱」と「ウエストナイル脳炎」の二つがあります。尚、日本での感染例は認められていません。

　通常、2～6日ほどの潜伏期間後、インフルエンザ様症状で始まり、39度C以上の突然の発熱をともないながら、頭痛、咽頭通、背部痛、筋肉痛、関節痛、疲労感、発疹、リンパ腺症などの症状が現れます。

　患者の半数ほどには、胸背部に特徴的な丘疹がみられ、痒みや疼痛を伴います。リンパ節が腫れ、腹痛、嘔吐、結膜炎などの症状が出ることもあります。

　通常は、症状は1週間以内で軽快しますが、その後倦怠感が残ることがあります。

　発症者の3～3.5%（感染者の0.6～0.7%）は、ウエストナイル脳炎を起こします。

　中枢神経系に感染が進み、脳幹や脊髄も侵されます。激しい頭痛、高熱、嘔吐、方向感覚の欠如、麻痺、震え、痙攣、精神錯乱、筋力低下、呼吸不全、昏睡、不全麻痺、弛緩性麻痺など多様な症状を呈し、死に至ることもあります。