日本脳炎ウイルスを持つ蚊に刺されても、ほとんどの場合は何の症状も出ない不顕性感染で経過します。感染しても日本脳炎を発病するのは100～1000人に一人程度だけです。

　感染後症状がでる場合には、6～16日間の潜伏期間の後に、数日間の38～40度C、あるいはそれ以上の高い発熱、頭痛、悪心、嘔吐、目眩などの症状で発病します。小児ではしばしば腹痛、下痢の症状も現れます。

　これらの症状に引き続き、急激に項部硬直の症状が出たり、光に対する過敏症、種々の段階の意識障害、神経系脳障害を示唆する症状を呈します。神経系脳障害では、筋強直、脳神経症状、不随意運動、振戦、主に上肢の麻痺、病的反射、脊髄障害、球麻痺症状などが現れます。

　日本脳炎感染者の発症率は、0.1～1％程度で大部分は不顕性感染となり無症状で終わるのですが、脳炎を発症した場合には、死亡率は、20～40％となります。特に、幼少児や老人では死亡率は高くなります。

　生存者の45～70%には、精神神経学的後遺症が残ります。特に小児では、パーキンソン病のような症状や痙攣、麻痺、精神発達遅滞、精神障害などの重度の障害が残ることが多いです。

　世界では毎年、3～4万人が発症しています。近年、日本で日本脳炎を発症した患者は主に中高齢者で、年間数名の発生があります。九州、沖縄、中国・四国地方などに多く発症しています。